26 maart 1888 kreeg vereniging, die officieel net een jaar bestond, toestemming om “ten zuiden van de brug over de Zuiderhaven, tegen den oostelijken walmuur, buiten het rasterwerk en geheel los daarvan, een schuitenhuis te doen bouwen”. Er werd wel een kanttekening bij deze vergunning geplaatst. De gemeente zou de vergunning op elk gewenst moment weer in kunnen trekken. Het schuitenhuis zou in dat geval binnen twee weken en op kosten van Aegir afgebroken moeten worden. Een voorwaarde die de volgende jaren nog voor veel onrust zou zorgen.
De corpsdichter componeerde het volgende vers voor de opening:
“Nu bouwde, door mildheid der
broed’ren gestut
Zich Aegir een eigen tehuis;
Een haven die vloot
bemanning beschut,
Voor stormen en vlaggegebruis.
Prijk, Kluiske’, in uw eenvoud,
ons liever dan pracht,
Een tempel der eendracht, der
moeder der macht;
Haal op dan voor ’t Corps en
voor Aegir haal op!
Voor ’t Corps en voor Aegir
haal op.”
In 1896, slechts 8 jaar na de opening van het eerste botenhuysch, vroeg het bestuur een bouwvergunning aan bij de Gedeputeerde Staten voor het bouwen van een nieuw onderkomen op de plek waar nu het Groninger Museum gevestigd is. De provinciale waterstaat en de Gedeputeerde Staten waren het niet met elkaar eens over het voorstel, en op 10 juli kreeg Aegir te horen dat het plan geen doorgang kon vinden.
In 1906 liep de vereniging tegen een volledig probleem. De leden roeiden met angst door de grachten van de stad wegens het herhaaldelijk belagen door baldadige scholieren. Het bestuur schreef ten einde raad een brief naar de schoolhoofden in de omgeving met de klacht “dat de leeden van de vereeniging bij het roeien op de kanaalen rondom Groningen herhaaldelijk lastig gevallen worden door jongens en meisjes die naar hen met steenen, stokken en straatvuil werpen. De jongens ontzien zich zelfs niet om vanaf de bruggen op hen te spuwen en te urineren!”. Een serieuzer probleem was het groeiende gebrek aan ruimte. Tijdens de bestuursvergadering van 11 maart 1905 werd besloten geen nieuwe oefenboot aan te schaffen, om voor een nieuw botenhuis te kunnen oppotten. Architect Huurman kreeg opdracht tekeningen te maken voor een nieuw botenhuis in de zwaaikom van het verbindingskanaal (waar nu het Groninger Museum zit). De kosten voor dit plan bedroegen 3000,- gulden. Op 15 mei 1909 werd Aegir’s nieuwe botenhuis geopend. De werkelijke kosten bedroegen 2690,- gulden.
Na de oorlog hebben de Hunze en Aegir een kleine 2 jaar hun boten ondergebracht in de loods van houthandel Beishuizen, waar ook een provisorische kleedkamer werd ingericht. Dit was echter om twee redenen een tijdelijke oplossing. Zodra de loods weer voor houtopslag gebruikt moest worden, zouden beide verenigingen moeten vertrekken. Aegir stond voor de vraag of ze terug zou keren naar het Verbindingskanaal of naar nieuwbouw op een alternatieve locatie. Hierbij werd vooral gedacht aan het Van Starkenborghkanaal waar het vaarwater in die tijd veel rustigere was dan in de binnenstad. De vereniging besloot uiteindelijk tot nieuwbouw “vlak bij de sluizen van Oosterhogebrug en wel op de landtong waar dit kanaal zich splits naar het Damsterdiep en het Eemskanaal” Omdat er niet direct mogelijk was om een definitief gebouw neer te zetten, werd er een eerst een tijdelijke loods gehuurd die op de landtong werd geplaatst. Dit was een uiterst primitieve bedoeling, schrijft professor Hadders. Het bestuur streefde er naar de noodbehuizing zo spoedig mogelijk te vervangen door en definitief botenhuis. Daarbij ontbrak het uiteraard niet aan mooie dromen. Het plan dat het bestuur op 11 maart 1947 uiteindelijk aan de ledenvergadering voorlegde was een stuk soberder dan de opzet. Geen twee verdiepingen tellend bouwwerk, maar een betonnen “Kwik-bilt” loods. Nadat de bouwcommissaris Glas en praeses Wolbers met Fop Smit de fabriek hadden bezocht en de ledenvergadering het plan had goedgekeurd leek niets een snelle bouw in de weg te staan, maar het pakte anders uit. De dienst Goedkeuring Werken van het ministerie van Wederopbouw en Openbare Werken moest toestemming geven in verband met de toewijzing van in die eerste naoorlogse jaren zeer schaarse bouwmaterialen. Uiteindelijk krijgt Aegir een optie toegewezen. Natuurlijk moest de gemeente ook nog toestemming geven, deze beslissing berustte voor een groot deel op de bevindingen van de schoonheidscommissie. De verantwoordelijke man, de heer Van Boven scheen er een genoegen uit te halen om de bouw zoveel mogelijk tegen te werken. Uiteindelijk moest Aegir een door hem uitgezochte tuinarchitect in de arm nemen om de toestemming te krijgen. Op 20 februari 1948 verkreeg Aegir de bouwvergunning. Op 10 maart begon het uitgraven voor de fundamenten en op 15 maar loste een binnenvaarschip de eerste onderdelen voor de loods. De constructie was binnen een week af, en kon er met de afwerking begonnen worden. Tijdens de bouwperiode hield bouwcommissaris Herman Glas een klein logboekje bij. Deze aantekeningen en verslagjes zijn te lezen in het 100 jaar nieuwbouw boek (Van Haersma Buma, Pasma & Zinnicq, 1989). Op 5 juni 1948 opende oud-Aegirlid J.A. Fijn van Draad de nieuwe loods.
In de loods was een werkplaats ingericht voor de botenbaas, Jo Heuvelman. Deze bleek echter niet lang genoeg voor het bouwen van een acht met. Om de acht te accommoderen werd er een stuk aangebouwd. Dit houten bouwsel werd zeer toepasselijk “de puist” genoemd. De loods functioneerde niet alleen als ruimte om boten te bouwen en repareren, zij werd ook vaak als conversatieruimte gebruikt. Ontelbare borrels, recepties en zelfs diners vonden in het heiligdom van Jo plaats.
In 1954, nog geen 10 jaar na de opening, werd door de heren Hadders, Huizenga en Ten Have het nieuwbouwfonds in het leven geroepen. Aegir verwachtte dat ze rond 1960 mogelijk al zouden moeten verhuizen. Naast de mogelijke verhuizing, laaide in 1961 de discussie omtrent de beperkte ruimte voor alsmaar groeiende vereniging op. Omdat Oud-Aegir een beetje dood leek te bloeden werd gekeken naar andere mogelijkheden om meer financiële middelen aan te trekken. Men begon over het toelaten van knorren tot Aegir. In het mei nummer van de ster dat jaar liet een oud praeses een wat conservatiever geluid horen: “Aegir zal wanneer het geïnfiltreerd wordt door knorren, ophouden een sub vereniging van het Groningen Studentencorps VAP te zijn. Volgend De Vries was het volkomen onjuist om Aegir uit financiële overwegingen een principiële beslissing op te dringen. De fundamentele discussie verstomde toen duidelijk werd dat Aegir voorlopig gewoon op De Punt kon blijven. Het bestuur besloot derhalve de oplossing voor Aegir’s ruimteprobleem te zoeken in uitbreiding van de betonloods of plaatsing van een tweede semipermanente loods op De Punt. Vrij plotseling deed zich de mogelijkheid voor om een oude ziekenbarak uit het Ambozenkamp in Finsterwolde voor 300 gulden over te nemen. Deze barak was zo ruim dat er naast een werkplaats ook ruimte was voor een flinke kleedkamer, een bestuurskamer en een botenwagenloods. Op 9 februari 1963 kon de groene loods geopend worden. De nieuw loods werd op originele wijze geopend. Vier erelenden fuifroeiden een lorry door een papieren wand de loods binnen.
In 1970 fuseerde Vindicat met Magna Pete, en kon Aegir zijn ongemengde status niet lang meer handhaven. In 1974 mochten dames voor het eerst lid worden van de G.S.R. ‘Aegir’. De oude bestuurskamer werd omgebouwd tot dameskleedkamer en de botenwagengarage werd verbouwd tot gezelligheidsruimte. De verbouwing maakte een einde aan de traditionele vrijdagmiddagborrel in de werkplaats. Veel leden wilden de borrel graag behouden. Sommige leden hechtten zoveel waarde aan de borrel dat op de ledenvergadering van 18 februari de ex tempore praeses Lanting de volgende motie uit zijn zak toverde: “[…] verklaren als hun wens te kennen te geven de vrijdamiddagborrel in haar oude stijl te doen herstellen, te weten een ontvangst voor een select gezelschap in de werkplaats, alwaar dit gezelschap in ontspannen sfeer met het bestuur van gedachten kan wisselen.”. De motie werd aangenomen en het bleef een jarenlang begrip. Rond 1970 begonnen de verhuiskriebels ook weer op te spelen. Het idee van een fusie met Gyas lag op tafel. Men had het delen van een botenhuis afgekeken in Rotterdam. Skadi en Hades zaten sinds kort in hetzelfde pand en dat werd beschouwd als voorbeeld van een geslaagde samenwerking. Op 12 mei 1976 legde de bouwcommissie het plan voor, welke door de alv werd aangenomen. Helaas werd kort daarna door de gemeente medegedeeld dat het toch niet door kon gaan omdat op de geplande locatie reeds een Jeugdwerktuin was aangelegd.
In 1983 werd de nieuwbouwadviescommissie omgezet in Aegir Nieuwbouw. Deze commissie zou voortaan alle activiteiten met betrekking tot de nieuw accommodatie coördineren, ze werd ook een ALV commissie, die dus verantwoording was verschuldigd. Deze commissie ging de beide opties voor de locatie van de nieuwbouw onderzoeken. Optie 1 was aan het Hoornse Diep (waar de A.G.S.R. ‘Gyas’ nu zit) en optie 2 in de Zweedse Havens. Door het grote succes van Aegir in dit decennium waren de faciliteiten van het gebouw niet meer toereikend, en ook het vaarwater liet effectieve outings nauwelijks meer toe door de hoeveelheid scheepvaart. Toen het oude botenhuis van Gyas in de oudejaarsnacht van 1984 door brandstinging bijna volledig werd verwoest, was Gyas gedwongen op zeer korte termijn te beginnen met de nieuwbouw. Het Gyas bestuur koos voor het Hoornse Diep. De Aegir ALV moest snel bijeen komen om hun voorkeur uit te spreken. Deze was overweldigend vóór de locatie aan het Winschoterdiep. Na dit besluit begon Aegir Nieuwbouw op volle toeren te werken. De eerste vraag was hoe Aegir aan het geld zou komen. De eerste stap was de oprichting van de Stichting Heilige Berendina in 1985. Door het nieuwbouwproject in een stichting onder te brengen zou het normale verenigingsleven van Aegir niet belast worden met de financiële en juridische implicaties.
Al het gepraat over nieuwbouw had wel een keerzijde. Het onderhoud aan de gebouwen op De Punt werd meer en meer verwaarloosd, omdat de afbraak van de loodsen toch nabij was. De kleedkamers en douches werden infectiehaarden.
Op 9 januari 1987 kon Aegir Nieuwbouw tijdens de nieuwjaarsreceptie na veel over en weer bekendmaken dat het bod op het terrein aan de Stockholmstraat was geaccepteerd. Het terrein was op dit moment nog een zompig moeras, grotendeels overwoekerd met taaie struiken en dikke bomen. Voor menig lid was de nieuwbouw nog erg ver weg.
De nieuwbouwplannen raakten onverwacht in een stroomversnelling toen een groot deel van de groene loods on de nacht van 29 op 30 oktober 1978 door brand werd verwoest. De hele werkplaats, het saphok en de dameskleedkamer werden volledig in de as gelegd. Bijna alle herinneringen aan het rijke Aegirverleden waren met de groene loods verbrand.
Aegir moest hoe dan ook blijven doordraaien en binnen enkele dagen werd een noodaccommodatie in gebruik genomen. Eerst deden bouwkeet dienst als bestuurskamer annex saphok. Later werd in de drijvende bak een provisorische werkplaats en saphok ingericht. Iedereen was ervan doordrongen dat er zo snel mogelijk met de bouw moest worden beginnen. Aegir vierde dit laatste jaar op De Punt zijn tweeëntwintigste lustrum. De Dies werd in de noodaccommodatie gevierd. Oud-Aegirbestuurslid Willem Ligtvoet doopte een 8+, die de naam “De Punt ’48-‘88” kreeg.
Op 12 december begonnen de eerste leden met het verwijderen van het oerwoud op het volledige overwoekerde terrein aan de Stockholmstraat. Inmiddels was vastgesteld dat Burema uit delfzeil het botenhuis zou bouwen. Op 18 februari 1988 werd tijdens een sobere ceremonie de eerste paal de blubber van het Winschtoerdiep ingejaagd. Vanwege de overvloedige regenval kon het bouwrijp maken van het terrein pas in maart worden hervat. Op 7 mei, precies een eeuw nadat Aegir’s eerste schuitenhuis in gebruik was genomen, kon erelid Herman Glas de eerste steen leggen. Hierna vertrok iedereen naar De Punt, daar werd namelijk nog een mijlpaal gevierd, namelijk het 25-jarig jubileum van botenbaas Chris Heuvelman. Twee weken na het leggen van de eerste steen werd het hoogste punt bereikt. Burema, GTI, de Aegirleden en nuldejaars van Vindicat werkten hard aan het voltooien van het pand. Vrachtwagens vol puin en zand werden aangevoerd om ervoor te zorgen dat Aegir’s bowa’s niet in de drassige bodem zouden wegzakken. Tegelijkertijd werd met behulp van de Provinciale Waterstaat het Herman Bessempad aangelegd, een langdurig karwei omdat het twee kilometer lange pad meter voor meter met de hand moest worden uitgestoken. Op 10 september werd het nieuw botenhuis officieel geopend. Tijdens de feestelijkheden werden onderandere Egbert Smith tot erelid benoemt, werden er vele speeches gegeven door afgevaardigden van de universiteit, Aegir Nieuwbouw, de SHB, Jong- en Oud-Aegir. Om half elf kregen werd het feest beëindigd, en vertrok iedereen, via trein en stapvoets rijdende bowa met fakkeloptocht naar de kroeg waar het feest de hele nacht voort zette.
Ook op “de nieuwe Punt” kon de discussie over ruimtegebrek vanwege het groeiende aantal leden niet uitblijven. Op 30 september 2001 hebben Jong- en Oud-Aegir en de Stichting H. Berendina de plannen voor het aanbouwen van de Rode Loods bespreken. Deze plannen werden in de zomer van 2002 goed gekeurd. Op 21 oktober 2002 is de bouw begonnen onder leiding van Richard Kohsiek, naar wie de ergometer ruimte vernoemd is. Met de aanbouw veranderde de indeling van het pand significant. Wat toen het saphok was, is heden ten dage de bestuurskamer, en waar ze in de jaren tachtig en negentig de Bowa parkeerde, is nu het saphok. Al deze tijd is het voorterrein van Aegir onbestraat geweest, waar in 2014 verandering in kwam. En zo komen we bij hoe het tochtige onderkomen van de G.S.R. ‘Aegir’ er nu bij ligt. Het bestuur en de Stichting H. Berendina richten zich tot de toekomst. Naar verwachting moet Aegir binnen 10 tot 15 jaar alweer verhuizen. De Gemeente Groningen houdt zich druk met een grote stadsuitbreiding naar de Zweedse Havens toe. Gelukkig is het nog niet zo ver en kunnen wij nog van vele prachtige trainingen en fantastische borrels genieten.
Verschillende tussentijds moderniseringen hielden het nieuwe botenhuis in conditie. In 1911 kwam er gaslicht -elektrisch was nog te kostbaar- en zo’n tien jaar later zorgde de aanleg van een petroleumkachel voor een nog groter comfort voor de raceroeiers. Toch werd het botenhuis al weer snel te klein voor de rap groeiende vereniging. Het botenhuis bleek ook erg in trek vanwege de sanitaire voorzieningen: “de douche blijft als vervangingsmiddel van ’t badhuis een belangrijke financiële besparing voor de Aegirleden.” In 1927 werden de eerste stappen genomen tot uitbreiding. Na veel gehannes en veelvuldig wisselen van aannemer, werd de verbouwing in 1929 opgeleverd, wat gepaard ging met veel feestelijkheden, en zoals gebruikelijk was toen, bittersteek en diner op de Mutua Fides. Een jaarlijks hoogtepunt op het botenhuis was het Aegir feest. De tweede week van de groentijd was bedoeld om de foeten te laten kennismaken met de subverenigingen van het corps. Tijdens het Aegirfeest moesten de groenen tegen elkaar roeien in sloepen van de zeevaartschool. Ook senaat en kroegcommissie kwamen tegen elkaar uit. Aan het einde van de dag werd door de groenen een historische of mythologische gebeurtenis uitgebeeld. Tweedejaars Aegirleden bedachten het thema en zorgden voor een zo realistisch mogelijke uitdossing. Na afloop van de festiviteiten op het botenhuis trok iedereen naar de Mutua Fides waar de dag wederom werd besloten met een bittersteek en diner. Na de oorlog verdween het Aegirfeest maar de elementen uit de traditie bestaan nog steeds. Sinds 1948 wordt aan het eind van de afroeiperiode door de eerstejaars roeiers gestreden om de Van der Rijnstbeker.
Tijdens het begin van de oorlog ging het verenigingsleven min of meer zijn gewone gang. Raceroiers bleven gewoon in training en er werden in de zomer van 1941 zelfs nog wedstrijden verroeid. In het najaar werd de houding van de bezetter steeds dreigender, en toen in oktober 1941 bekend werd gemaakt dat joden geen lid meer mochten zijn van verenigingen, was het afgelopen. Op 1 november 1941 werd Aegir gesloten, het bestuur verzocht de leden het dragen van Aegir kleding, jasjes en dassen te willen nalaten. In het najaar van 1944 werd het botenhuis definitief gevorderd door de bezetter voor het opslaan van benzine en munitie. Bij de bevrijding van Groningen door de Canadezen gingen de botenhuizen van Aegir en De Hunze verloren. De Canadese troepen trokken de stad op vrijdag 13 april vanuit het zuiden binnen. De volgende ochtend bereikten de eersten de singels. De Duitsers hadden aan de Ubbo Emmiussingel mitrailleurstellingen ingericht om het Stationsplein te kunnen bestrijken. “Alle het zicht belemmerende objecten moesten daarvoor uit den weg geruimd worden”. Het botenhuis van Aegir was afgebrand. Een Duits “Sprengkommando” had in de vroege morgenuren deze vernielingen uitgevoerd.